Bei der Basilika St. Ulrich und Afra handelt es sich um eine katholische Stadtpfarrkirche. Seit dem Jahre 1937 ist sie auch Päpstliche Basilika in Augsburg. Dieses Gebäude wird unter die letzten großen Kirchenbauten in Schwaben der Spätgotik gezählt.
Diese Kirche hat verschiedene Funktionen erfüllt bzw. tut dies auch weiterhin: Zum einen als Wallfahrtskirche für die Bistumsheiligen von Augsburg Ulrich, Afra und Simpertus. Dann als Abteikirche für ein Benediktinerkloster, als Münster eines Reichsstiftes großer Bedeutung, als Garnisonskirche für das Vierte Bayerische Chevaulegers-Regiment sowie als großbürgerliches Glaubensdenkmal. Als Vorbild für barocke Kirchen in Bayern diente der zwiebelförmige Turmhelm der Kirche.
Das Geländer, auf dem die Kirche steht, wies bereits vom achten bis fünfzehnten Jahrhundert mehrere Kirchenbauten auf. Ursprung dieser waren die Wallfahrten, um die heilige Ara (gestorben im Jahre 304) zu verehren. Die Bauten lagen ursprünglich außerhalb der Stadtmauern. Durch diese Ungeschütztheit fielen sie den Ungarn-Einfällen oder Bränden zum Opfer. Obhut fand die heilige Stätte dann schließlich ab dem Jahre 1012 unter dem Benediktinerkloster St. Ulrich und Afra.
Die Kirche hatte ihren Ursprung in einer spätrömischen Kirche, die ihre Ersetzung im siebten Jahrhundert durch eine merowingische Anlage fand. Im Jahre 800 folgte daraufhin ein karolingisches Gotteshaus. Dieses machte dann in den Jahren 1064 bzw. 1071 einer frühromanischen Kirche Platz.
Die Klosterkirche des Mittelalters war ungefähr ein Drittel kürzer als die heutige Kirche. Es handelte sich um eine zweischiffige Halle. Die Gesamtbreite entsprach dem Nachfolgebau, wobei das Nordschiff etwas schmäler als das Südschiff war.
Im Jahre 1466 musste das baufällige Vorgängergebäude unter dem Abt Melchior von Stannheim abgetragen werden. Im Jahre 1467 schließlich wurde mit dem Neubau in spätgotischen Formen begonnen. Bei dem Baumeister handelte es sich um den Straßburger Valentin Kindlin. Dieser führte wohl Entwürfe des Hans von Hildesheim aus. Im Jahre 1474 fiel der Rohbau einem Sturm zum Opfer.
Der Beginn des Baus der bestehenden Kirche fand im Jahre 1474 als Backsteinbau statt. Dieser Bau wurde schließlich im Jahre 1500 abgeschlossen, und zwar durch Burkhart Engelberg. Dieser hat sich durch den Bau des Ulmer Münsterturms ein denkwürdiges Denkmal geschaffen.
Im Jahre 1489 fanden die Gewölbe des nördlichen Seitenschiffes ihre Vollendung. Im Jahre 1499 schließlich wurde das Langhaus eingewölbt. Bis zu seinem Tod im Jahre 1512 hatte Engelberg an der Vollendung des Kirchenhauses gearbeitet. Hans König war schließlich sein Nachfolger.
Der Ausbau verlief während der folgenden Jahre eher stockend. Die Arbeiten kamen im Jahre 1537 sogar vollständig zum Erliegen. Im Zuge des Bildersturms erfuhr die Kirche schwere Schäden. Nachdem die Auseinandersetzungen beendet waren, konnte die Bautätigkeit fortgeführt werden. In dem Zuge wurde auch die Ausstattung erneuert. Im Jahre 1594 wurde die Kuppel des nördlichen Turmes vollendet. Kurze Zeit darauf erfolgte die Fertigstellung der Sakristei und der Muttergotteskapelle. Der Chorbau wurde erst im Jahr 1603/04 vollendet, und zwar zum 1300-jährigen Afra-Jubiläum.
Im Jahre 1643/44 erfolgte die Erhebung von St. Ulrich und Afra zur Abteikirche. Im Jahre 1698 erfolgte der Anbau der Allerheiligenkapelle an die Sakristei. Die Kirchenausstattung wurde im Jahre 1712 zum Anlass des Benediktiner-Jubiläums vermehrt. Im Jahre 1762 erfolgte dann die Einrichtung der Ulrichsgruft. Nach der Säkularisation des Klosters und Reichsstifts im Jahre 1802 erhielt der bayerische Staat den Besitz der Kirche.
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